问题：自然人持股、合伙企业持股、法人股持股三种情形下的股权转让，所得税的纳税地点分别在哪里？

答复一：自然人持股情形下的股权转让，个人所得税的纳税地点：纳税申报应在股权变更企业所在地，而不是自然人股东所在地。

答复二：法人持股情形下的股权转让，企业所得税的纳税地点：纳税申报应在转让方机构所在地缴纳企业所得税。

答复三：自然人合伙企业持股情形下的股权转让，经营所得个人所得税的纳税地点：纳税申报应在合伙企业所在地缴纳经营所得个税。若是合伙企业的合伙人属于法人，法人合伙人的纳税地点实务中存在争议，需要事先和当地税务机关沟通。

参考一：国家税务总局公告2014年第67号国家税务总局发布<股权转让所得个人所得税管理办法(试行)>的公告第十九条规定“个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关”。

参考二：《企业所得税法》及其实施条例规定，除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点。

参考三：根据财政部、国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规》的通知（财税〔2000〕91号）第二十条规定，投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。